A heveny esetek terápiás kezelésének kezdeti szakaszában a kezelt állatok 10%-ánál a tünetek átmeneti súlyosbodása tapasztalható. Ilyen például a fájdalom fokozódása. Ez különösen akkor fordulhat elő ha korábban nagy hatású, magas dózisban alkalmazott gyógyszerekkel kezelték az állatot. Ez a jelenség valószínűleg egy gyógyszer indukálta átállási folyamat következménye.
Tartós, magas adagolású készítmények (pl.: kortizon) az átmeneti időszakban kölcsönhatásba léphetnek a gyógyszerrel. Ilyen esetek tisztázására mindenképpen ki kell kérni terapeuta/ állatorvos/ állatgyógyász véleményét. Akkor, ha megelőzés céljából alkalmazzuk a terápiát, csak rendkívül ritkán lépnek fel mellékhatások.

Az embergyógyászat területén a következő reakciók ismertek és ezek az állatgyógyászatban is előfordulhatnak:
Enyhe viszketés a fejen vagy a végtagokon, melegségérzet a háti területeken vagy a fokozódó vérellátás miatt fájdalom jelentkezése zúzódások, ficam, rándulás, sebek vagy csont-, ízület-, fog- és állkapocsproblémák esetében. A kezelésre adott fokozott válaszreakciók fellépésekor tanácsos olyan állatorvost vagy állatgyógyászt hívni, akinek van tapasztalata a mágnesterápia területén.
Mivel az alkalmazott mágneses mező erőssége mindössze legfeljebb 20 mikroTesla ( a Föld mágneses mező erőssége kb. 50 mikroTesla) és az ajánlott határértékek jóval elmaradnak az alacsony frekvenciájú elektromágneses mezők erősségétől, nem szükségesek különösebb biztonsági óvintézkedések sem a kezelt állat, sem a kezelő személyzet számára.